پزشک تحت قرارداد مشارکتی، یعنی یکی از بخش های مرکز درمانی را به صورت مستقل اداره می نمایند می بایست پرونده مالیاتی جداگانه داشته باشند و بایستی میزان درآمد خود از قرارداد مشارکت با مرکز درمانی را در سامانه معاملات فصلی اعلام کنند. در صورت عدم اعلام این مبلغ تا یک و نیم ماه پس از فصل، پزشک مد نظر شامل 1% جریمه مالیاتی خواهد شد. در صورتیکه که پزشک به عنوان شریک در پرونده مالیاتی مرکز درمانی حضور داشته باشد نیازی به پرونده مالیاتی و اظهارنامه جداگانه نیست و کلیه درآمد های مرکز درمانی در همان اظهارنامه لحاظ خواهد شد.

در این نوع قرارداد ها در صورتیکه حق الزحمه به صورت حقوق ماهیانه به پزشک پرداخت گردد می بایست مرکز درمانی میزان حقوق پرداختی را در لیست مالیات حقوق ماهانه به سازمان امور مالیاتی اعلام نماید و مالیات حقوق مربوطه را از حقوق پزشک کسر و پرداخت نماید . ولی در صورتیکه حق الزحمه پزشک در قالب قرارداد از میزان دریافتی مراجعین و یا طرق دیگر به صورت ثابت یا متغیر در قرارداد پرداخت گردد مرکز درمانی می بایست 10% از حق الزحمه پرداختی را کسر و به عنوان علی الحساب پرداختی به سازمان پرداخت نماید ، پزشک دریافت کننده حق الزحمه نیز می بایست در اظهارنامه مالیاتی سالانه خود جمع درآمد مرکز درمانی را در قسمت درآمد ها در اظهارنامه مالیاتی و میزان مالیات مکسوره را در قسمت مالیات های پرداخت شده لحاظ نماید.

پزشکان عمومی یا متخصصینی که در مراکز درمانی مشغول فعالیت هستند، تکلیف مالیاتی ندارند. صرفا مرکزی درمانی که با آنها قرارداد استخدامی منعقد کرده، بایستی به صورت ماهیانه و برای حقوق‌هایی که بیشتر از سقف معلوم شده معافیت مالیات حقوق هر سال هستند، مالیات حقوق آنها را بپردازد و لیست حقوق ماهانه آنها را به سازمان امور مالیاتی ارسال نماید.

طبق قانون بودجه، مراکز درمانی تحت قرارداد با پزشکان (به صورت مشارکتی و غیر مشارکتی) بایستی 10% از درآمد کل هر پزشک را در سامانه مالیات تکلیفی پزشکان به حساب اداره امور مالیاتی کشور پرداخت کنند.

پزشکانی که به صورت قراردادی با مراکز درمانی در حال فعالیت هستند (و به صورت استخدامی با این مراکز فعالیتی ندارند) طبق ماده 95 قانون مالیات‌های مستقیم، بایستی اظهارنامه مالیاتی مشاغل خود را تنظیم و درآمد های خود را که از مراکز درمانی و مطب خود کسب نموده اند ، به سازمان امور مالیاتی تسلیم کنند.

پزشکانی که تحت قرارداد استخدامی با مراکز درمانی هستند، تا حداکثر مبلغ 5.600.000 تومان ماهانه معاف از پرداخت مالیات حقوق خواهند بود

و برای درآمد بین 5.600.000 الی 15.000.000 تومان 10%؛

بین 15.000.000 الی 25.000.000 تومان 15%؛

بین 25.000.000 الی 35.000.000 تومان 20%

و برای بیش از 35.000.000 تومان درآمد، 30% مالیات بر حقوق در نظر گرفته شده است..

برای پزشکانی که با عنوان یک شخص حقوقی درحال فعالیت هستند (در مطب و یا مرکز درمانی شخصی خودشان فعالیت دارند) نیز مشمول معافیت مالیاتی نخواهند شد.

برای درآمد‌هایی که در زمره حقوق و دستمزد قرار نمی‌گیرند پزشکان می‌بایست اظهارنامه مالیاتی ارسال نمایند و پس از کسر هزینه‌ها، سود آنها به نرخ ماده 131 قانون مالیات‌های مستقیم یعنی تا 500.000.000 ریال 15%

تا 1.000.000.000 ریال نسبت به مازاد آن 20%

و بالاتر از 1.000.000.000 ریال نسبت به مازاد مبالغ قبلی 25% می باشد.

در اجرای بند “ی” تبصره (6) قانون بودجه سال 1398 کل کشور و در چارچوب آیین نامه تبصره (2) ماده (169) قانون مالیات های مستقیم ، فراخوان به شماره 200/8194/ص مورخ 1398/05/07 برای کلیه حرف و مشاغل پزشکی، پیرایزشکی، داروسازی و دامپزشکی که مجوز فعالیت آنها توسط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، سازمان نظام پزشکی ایران و یا سازمان نظام پزشکی ایران صادر شده ، مکلف گردیدند با مراجعه به درگاه خدمات الکترونیکی سازمان به نشانیwww.tax.gov.ir  نسبت به ثبت مشخصات پایانه فروشگاهی (کارتخوان بانکی) خود اقدام نمایند.ولی در سال 1400 مطابق با قانون پایانه های فروشگاهی و قانون بودجه کلیه دستگاههای کارتخوان و ابزار های پرداخت ساماندهی گردید و کلیه دستگاههای کارتخوان فاقد پرونده مالیاتی غیر فعال گردیدند.

طبق آیین‌نامه تبصره 2 ماده 169 قانون مالیات‌های مستقیم، در صورتی که از کارتخوان متصل به سازمان امور مالیاتی استفاده نشده و یا صورت‌حساب‌های مربوطه در پایانه فروشگاهی ثبت نشوند، 2% از فروش اعلام نشده، به عنوان جریمه در نظر گرفته خواهد شد.

همچنین هر درآمدی که در سامانه فروشگاهی ثبت نشود، به عنوان درآمد کتمان شده در نظر گرفته شده و مشمول 30% جریمه علاوه بر 2% نامبرده شده خواهد شد.

برای ارسال اطلاعات درآمدی پزشکان دارای قرارداد با مراکز درمانی ، سازمان امور مالیاتی سامانه ایی به عنوان پورتال پرداخت مالیات تکلیفی پزشکان به آدرس https://withholding.tax.gov.ir/ برای مالیات پزشکان اعم از عمومی و متخصص، طراحی شده است.

خیر؛ میزان مالیات افراد بر اساس میزان درآمدهای کسب شده و هزینه های مرتبط با کسب آن درآمد متفاوت خواهند بود و بر اساس ماده 131 قانون مالیات های مستقیم کلیه اشخاص حقیقی از نرخ مالیات مشابهی برخوردار می باشند. مالیات پزشکان متخصص که بعد از اتمام تحصیل در رشته پزشکی عمومی، در یک رشته تخصصی نیز ادامه تحصیل داده اند، همانند پزشکان عمومی محاسبه خواهد شد.ولی تنها زمانیکه فرد دارای اسناد و مدارک هزینه ایی برای نباشد میزان سود هر فعالیت بر اساس جدول ضرایب سود فعالیت سازمان امور مالیاتی تعیین میگردد که برای هر فعالیت متفاوت می باشد.

خیر؛ برای پزشکانی که به صورت انفرادی مشغول فعالیت هستند حداکثر یک معافیت و برای پزشکانی که با اشخاص دیگر به عنوان شریک به فعالیت می‌پردازند، حداکثر دو معافیت مالیاتی قابل استفاده است.

وظیفه پرداخت مقداری از مالیات بر درآمد پزشکان، با مراکز درمانی تحت قرارداد آنها است؛ بنابر این می‌توان گفت که مالیات تکلیفی مکسوره و پرداخت شده توسط مراکز درمانی قسمتی از مالیات بر کل درآمد پزشک است.

با توجه به جزء 1 بند ب ماده 9 قانون دائمی ارزش افزوده، چون خدمات درمانی جزو معافیت‌های ارزش افزوده هستند، مالیات و عوارض ارزش افزوده بر خدمات درمانی ارائه شده توسط پزشکان تعلق نمی‌گیرد.

پزشکانی که در مشاغل گروه اول مالیاتی قرار می‌گیرند، و همچنین پزشکان مالک مراکز درمانی بیمارستانی بایستی علاوه بر موارد گفته شده، استاندارد‌هایی از جمله پلمپ دفاتر در زمان تعیین شده، نوشتن دفاتر بدون قلم‌خوردگی و تراشیدگی و همچنین ثبت کلیه هزینه‌های جاری تا 15 روز پس از صدور صورت‌حساب آنها، را نیز رعایت کنند.

نکات مهم‌دیگر درباره دفاتر قانونی پزشکان:

• رعایت تمامی دیگر استانداردهای دفاتر قانونی حسابداری
• ذکر دقیق درآمدهای کسب شده از مراکز درمانی
• ذکر تعداد دقیق مراجعین و بیمه‌های درمانی طرف قرارداد با آنها

تمامی افرادی که در دسته‌های زیر قراردارند، بایستی در انتهای هر سال مالی، اظهارنامه مالیاتی خود را آماده کرده و در زمان مشخص شده توسط سازمان امور مالیاتی آن را تحویل دهد:

• مالکین درمانگاه، بیمارستان و زایشگاه‌ها
• مالکین آزمایشگاه‌ها و لابراتوار و موارد مشابه (به صورت طبی یا غیر طبی)
• مالکین تیمارستان‌ها و آسایشگاه‌ها
• مالکین موسسات بهداشتی
• مالکان رادیولوژی ها و فیزیوتراپی ها
• دندانپزشکان و کلیه پزشکان دارای مطب شخصی

پزشکانی که مشمول مالیات مشاغل می‌شوند، بایستی تکالیف مالیاتی زیر را به طور کامل انجام دهند:

• تشکیل پرونده در نظام مالیاتی
• پلمپ دفاتر قانونی (برای مودیان گروه اول مالیاتی)
• استفاده از دستگاه‌های پوز و پایانه‌های فروشگاهی متصل به سازمان امور مالیاتی
• تهیه اظهارنامه مالیاتی اشخاص حقیقی
• بایگانی اسناد و مدارک مرتبط با اظهارنامه مالیاتی و دفاتر قانونی حسابداری (من جمله فاکتور‌های خرید برای پزشکانی که تجهیزات و مواد اولیه برای خدمات خود استفاده می‌کنند)
• تنظیم قرارداد‌ها با مراکز درمانی با توجه به قوانین و الزمات مالیاتی
• ارائه ماهیانه فهرست مالیات حقوق کارکنان
• ارائه ماهیانه فهرست بیمه کارکنان
• ارائه اسناد کسر مالیات تکلیفی توسط مراکز درمانی