به غیر از معافیت مالیاتی اشخاص حقیقی که سلانه بر اساس ماده 101 قانون مالیاتهای مستقیم به همه مشاغل منجمله آزمایشگاهها تعلق میگیرد ، آزمایشگاه‌های عضو شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی، مشمول معافیت مالیاتی می‌شوند. در واقع آزمایشگاه‌های عضو این شبکه با قانون حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان مشمول معافیت از پرداخت مالیات خواهند شد. تا مدتی تنها آزمایشگاه‌هایی که محصولی تولید می‌کردند مشمول این معافیت می‌شدند، اما از سال 1394 آزمایشگاه‌های خصوصی نیز در صورت دریافت مجوز دانش بنیان از معاونت علمی و فناوری نهاد ریاست جمهوری، امکان استفاده از این فرصت را پیدا کردند.

همچنین لازم به ذکر است که معافیت عملکرد برای باقی آزمایشگاه‌ها وجود ندارد.

در رابطه با مالیات بر ارزش افزوده نیز بر اساس بند ب ماده 9 قانون دائمی مالیات بر ارزش افزوده خدمات درمانی ارائه شده در آزمایشگاه ها از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده معاف می باشد.

با توجه به اینکه آزمایشگاه‌ها بخشی از مشاغل پزشکی محصوب می‌شوند، صاحبان آزمایشگاه، لابراتوار و نظایر آنها چه به صورت طبی فعالیت کنند و یا غیر طبی، بسته به اینکه مطابق با ماده 95 قانون مالیات های مستقیم در کدام گروه شغلی قرار میگیرند، مشمول تکالیف مالیاتی آن گروه می باشند.

از مهم‌ترین تکالیف مالیاتی آزمایشگاه‌ها می‌توان به ارائه اظهارنامه مالیاتی در انتهای هر سال اشاره کرد. در واقع یک آزمایشگاه از زمان تاسیس بایستی تمامی مراحل از تشکیل پرونده مالیاتی و دریافت کد مالیاتی تا ارائه اظهارنامه و ارسال لیست ماهانه حقوق و دستمزد را رعایت کند. اگر در مورد هر یک از این تکالیف مالیاتی سوالاتی دارید، می‌توانید با جستجوی کلیدواژه مدنظرتان اطلاعات کاملی را در رابطه با هر کدام به دست بیاورید.

بله؛ ارسال ماهیانه لیست حقوق و دستمزد، از مواردی است که آزمایشگاه‌ها نیز مانند تمامی اصناف دیگر بایستی آن را انجام دهند. حتی اگر معافیتی برای مالیات بر حقوق کارکنان وجود داشته باشد، مودی مالیاتی بایستی لیست مربوطه را به سازمان امور مالیاتی ارسال کند.

قرارداد‌های آزمایشگاه‌ها با پزشکان مسئول فنی، به دو نوع است. پزشکانی که به صورت قراردادی (پرداخت حق الزحمه مورد تایید طرفین برای هر کار) و گروه دوم پزشکانی که به صورت استخدامی در آزمایشگاه‌ها فعالیت دارند.

زمانی که پزشکان تحت استخدام آزمایشگاه‌ها هستند، پرداخت کنندگان حقوق، طبق ماده 86 قانون مالیات‌های مستقیم، بایستی مالیات حقوق کارکنان را بر اساس نرخ‌های مقرر شده محاسبه کرده و به سازمان امور مالیاتی اعلام کنند.

بر اساس ماده 169 قانون مالیات‌های مستقیم، آزمایشگاه‌های دارای نیروی قراردادی (بدون استخدام) مشمول مالیات نشده و تنها کافی است این افراد را در قالب گزارش‌های سامانه مالیات تکلیفی پزشکان، به اداره امور مالیاتی گزارش کنند.

آزمایشگاه ها همانند سایر مشاغل مشمول مالیات بر عملکرد می باشند.همچنین در رابطه با حق الزحمه های پزشکان مشغول در آزمایشگاه مشمول ارسال گزارش مالیات عملکرد تکلیفی پزشکان یا مالیات حقوق می باشند.

در صورت دریافت حق الزحمه از مراکز درمانی و یا آزمایشگاهی ، پرداخت کننده حق الزحمه مکلف به کسر 10% به عنوان علی الحساب مالیاتی از حق الزحمه پرداختی و پرداخت آن به اداره امور مالیاتی می باشد.